聚爆宏观的角度去分析整个故事之二，这些都是根据各种动画以及最终章的boss去分析的，可能有些玩家不是特别的了解，所以这次会介绍一下，帮助玩家去了解一下，可能需要很多的事情，但是如果整理出来了之后还是挺不错的，那么就来介绍一下吧。
然后就和主角这边串起来了。主角第一章为什么要去信号发射站呢?因为那里就是一个信号中转站，是发射驱动Aza升空讯号的站点。第二章为什么要去那个研究基地呢?因为Jake发现米勒博士的“伪装气体”断供的同时，Aza就开始收到讯号并聚集了，这似乎有着不可告人的秘密，所以Jake决定跟着米勒这条线索调查下去，而那帮人类幸存者给出的情报是南极圈有一个研究基地，好像是米勒博士开的，所以Jake就去了那里。但是那里的研究员告诉他，你要是想知道米勒博士所有的发射站，必须得去寂静枪膛研究基地，这应该是当初人类最大的一个Xada研究中心，同时也是一个堡垒，于是Jake又去了寂静枪膛，在那里他证实了米勒的确有问题，而且也知道了撒迪厄斯准备开战的信息，至此，安卓里安和撒迪厄斯的矛盾已经公开，米勒似乎已经站在了撒迪厄斯这边，然而，进行轨道轰炸之后，发现还有一个讯号站没有被摧毁，要是这样下去，盖亚和西托斯都得玩儿完，这个时候Jake遇到了乔纳森叔叔，他可是也在地球上坚持了20年，而且也早已经盯上了米勒，当下他就带着Jake去掏米勒的老巢。于是就有了第四章的内容。最后我们发现米勒原来跟Xada是一伙的，从一开始的Aza到后面的全是他设计的，就是想同化全人类。于是，主角就要干掉他啊，于是就有了恶心到爆的三关Boss战。